Las raíces de la Hermandad de la Santa Cruz y Santa Elena se arraigan varios años atrás de su fundación, concretamente en la Asociación Juvenil Cofrade la Levantá. Esta última entidad, constituida en abril de 2004, suponía el reflejo de los corazones de un grupo de jóvenes que deseaban rendir homenaje al Santo Madero de Nuestro Divino Redentor en el mes de mayo. En la mente de todos yacía la ilusión de crear una Asociación Parroquial, para rendir cultos no solo a la Santa Cruz de Nuestro Señor Jesucristo, sino también a la Santa mujer Elena, halladora de esta Reliquia. La relación de amistad y lazos de unión con la Hermandad de Cristo Rey, le llevaron a conocer al Rvdo. Padre D. Fco. Javier Orpinell, naciendo no solo una gran amistad sino también una gran “familia de Elenos” como el mismo denominaba. Fue entonces cuando le trasladaron al Párroco de San Francisco ese pensamiento que tanto les corría por dentro. Pasadas unas semanas, el 27 de mayo de 2006 procesionaba la Cruz de Mayo de esta Asociación Juvenil, en la que el Rvdo. Padrre fue consciente de primera mano no solo de la ilusión que unía a todos, sino también de la gran cantidad de jóvenes que esta Asociación suponía. Tras el estudio por parte del Rvdo. Padre D. Fco. Javier Orpinell de los fines y estatutos elaborados para la Asociación Parroquial, y junto el respaldo del Consejo Pastoral se aprueba su constitución. Por ello fue convocada el 11 de julio de 2006 Asamblea Extraordinaria de socios de la Asociación Juvenil Cofrade la Levantá, en los Salones Parroquiales de la Iglesia Vaticana y Castrense de San Francisco, siendo la disolución de la misma el único punto del día a tratar, y bajo una presencia el 80% de socios, se aprueba por mayoría absoluta de todos los presentes la disolución de la misma, y constituyéndose en esa misma tarde de julio, la Asociación Parroquial de la Santa Cruz de Nuestro Señor Jesucristo en el Sagrado Misterio de su hallazgo, triunfo del Santo Lignum Crucis y Santa Elena. Desde los inicios de la Asociación Juvenil hasta la actualidad, siempre han contado con la ayuda y colaboración de la Hermandad del Nazareno, siendo un pilar muy importante en la vida e historia de dicha Hermandad. Como curiosidad, en uno de los respiraderos del paso va tallado el escudo de la Hermandad del Nazareno a modo de agradecimiento.