El Cristo de los Desamparados fue conocido anteriormente como el Cristo de la Buena Muerte, del Buen Fin o de la Sagrada Lanzada, ya que fue titular de esta corporación de penitencia desde el año 1851 hasta 1916. Al templo carmelita había llegado la hermandad del Miércoles Santo después de un largo periplo en la primera mitad del siglo XIX que llevó a la corporación de San Basilio a San Francisco de Paula (Acutla iglesia de los jesuitas), pasando incluso por el desaparecido convento de monjas de la Pasión en la calle Sierpes. Unos años en los que la hermandad llegó a procesionar también a la imagen del Cristo de la Buena Muerte de Mesa, hoy titular de la hermandad de los Estudiantes. Cuando la hermandad se trasladó en 1916 a San Román se encontró con la negativa de la comunidad carmelita de desprenderse de una obra que les pertenecía, lo que motivó que la hermandad procesionara de nuevo con un antiguo Crucificado de papelón. El excelente Crucificado de los Desamparados se atribuyó durante algún tiempo a la gubia de Juan de Mesa, quizás por algunas similitudes con obras documentadas como la del Crucificado del Amor, aunque se acabó incluyendo en el catálogo de Montañés por un traslado de documento notarial publicado por Miguel Bago y Quintanilla donde se indicaba que “…el dicho Juan Martínez Montañés había otorgado por ante el dicho escribano en que se había obligado a dar fecha y acabada en toda perfesión toda la obra de la hechura de Cristo que el convento de los carmelitas descalzos de esta ciudad que había pasado por el año de seiscientos y diez y siete…”. El documento, una cédula judicial de 1623, permite fechar la realización del Crucificado en 1617, quizás con la ayuda de algún colaborador, ya que hace alusión a su realización en ese año con destino al convento de los carmelitas descalzos. El templo de los carmelitas en el que se conserva es fruto de una larga historia que comenzó con el asentamiento de los carmelitas descalzos en el monasterio de los Remedios y la posterior creación de un colegio de la orden en la actual calle Rioja. Tras la creación de un patronato, el nuevo templo, con diseño de Alonso de Vandelvira,uno de los grandes arquitectos de su siglo, se bendijo en 1608 por el cardenal Niño de Guevara, funcionando como noviciado carmelita y, posteriormente, como Colegio de Teología Escolástica y Teología Moral. La invasión francesa supuso la expropiación del edificio y su expolio. Aunque la Academia de las Tres Nobles Artes llegó a tomar posesión del edificio, pronto pasó a ser cuartel del Cuarto Batallón Cívico, conservándose el culto en la iglesia. Volverían los carmelitas en 1813 y serían de nuevo expulsados en la desamortización de 1835. Aquí comenzaría una sucesión de variopintos usos para el edificio: cuartel de carabineros, Academia de Jurisprudencia, Sociedad Económica Sevillana. La restauración que llevó a cabo el IAPH entre los años 2007-2008 permitió recuperar la riqueza de su policromía y relacionarla con la empleada en el Crucificado de la Clemencia, eliminándose en esta intervención la suciedad acumulada por el paso del tiempo y la policromía añadida en el sudario, que no era la original. El estudio de los ensambles de la talla en la restauración permitió comprobar notables similitudes con el Cristo del Auxilio de la Catedral de Lima, imagen con la que también comparte numerosos rasgos estilísticos. Esta relación ya fue establecida por Hernández Díaz, aunque por entonces no se conocían la policromías originales ni del Cristo peruano ni la de la imagen que nos ocupa. En la comparación habría que indicar que el Crucificado de peruano mantenía los pies cruzados y los cuatro clavos, según la visión de la monaja sueca Santa Brígida, una iconografía que Montañés acabó abandonando: el Crucificado de los Desamparados solo muestra un clavo que atraviesa los dos pies, una representación que seguirá Juan de Mesa en toda su producción posterior. En la restauración se sustituyó su cruz arbórea, que no era la original sino un añadido del año 1950, por una nueva pieza.