El Rey Martín el Humano concedió permiso en 1399 a la Cofradía de Santa Lucía para construir el edificio de la ermita y de la casa de la cofradía. La Pontificia, Real y Primitiva Cofradía de Santa Lucía Virgen y Mártir de Valencia gestiona desde aquel momento y hasta nuestros días, en plena autonomía, la ermita y la casa. La Cofradía cedió, en 1410, parte de su huerto, para construir el dormidor de locos del Hospital General.
El templo presenta actualmente un aspecto barroco, con obras de los siglos XVII, XVIII y XIX, especialmente el retablo mayor con la imagen de Santa Lucía; el lienzo de Nuestra Señora de los Desamparados, de Gaspar de la Huerta, o el bocaporte de Evaristo Muñoz.
La Cofradía conserva en sus archivos la documentación original de los más de seis siglos de existencia, así como numerosas obras de arte, expuestas y al culto, en la ermita. El templo tiene dos fechas de especial y pública concurrencia: el día de Santa Lucía, la protectora de la vista, 13 de diciembre, y el día de Santa Águeda, protectora de los pechos femeninos, 5 de febrero. Especialmente popular es la tabalà del 12 de diciembre a las siete y media de la tarde, que rodea el barrio con el estruendo de un centenar de dulzainas y tambores, para anunciar la fiesta, a la que se unen las torres humanas de la Muixeranga de València.
La Cofradía está haciendo un importante esfuerzo para compartir el patrimonio religioso y cultural, tanto a través de la página Web como de la apertura del templo, seis días a la semana.