Don Andrés Prados, Jefe del Servicio de Automovilismo del Ejército, quedó impresionado por la imagen del Nazareno Cautivo, organizando desde 1937 su procesión bajo el patrocinio de dicha unidad militar. Pero es en 1946 cuando verdaderamente se funda la Cofradía, al aprobarse sus primeros estatutos.
En 1953 y 1954 se incorporaron al paso cuatro magníficas figuras, talladas por el escultor Modesto Gené Roig, componiendo el paso de la Injusta Sentencia. Tal novedad no tuvo aceptación, volviéndose a procesionar en solitario la venerada imagen del Señor.
La Virgen de los Dolores se incorporó como titular por Decreto del 31 de enero de 2002.
Esta Cofradía tiene el privilegio de liberar un recluso en el transcurso de una emotiva ceremonia que hasta 2014 tuvo lugar en la Cárcel de Los Rosales. En 2015, con motivo de los cambios que afectaron al tradicional traslado de las imágenes, este simbólico acto se celebró por primera vez ante la fachada principal del Palacio Autonómico. En el año 2018 la liberación vuelve a producirse en las inmediaciones del Palacio de la Asamblea debido al cierre del Centro Penitenciario de Los Rosales y la apertura del nuevo en Fuerte Mendizábal.