El misterio de la Sagrada Flagelación, procesionó por primera vez en 1925, formando parte del Santo Entierro. Componía la escena pasionista la imagen de Cristo atado a la columna y dos sayones. Este paso fue encargado «por catálogo» a la Casa Aranda de zaragoza, siendo donado por la familia Trujillo. En aquella primera procesión fue escoltado por el Cuerpo de Bomberos, aunque el patrocinio lo ostentaba oficialmente el Regimiento de Infantería nº 54.
Con el tiempo, el entusiasmo de los cofrades decae, interrumpiéndose la salida procesional del Cristo atado a la columna, cuya imagen se veneraba en la capilla derecha del sotocoro del Santuario de África, de donde pasaría a la capilla de la Hermandad de Jesús Nazareno en los primeros años de la década de los 60. En 1967 es reorganizada por Bernabé López Arrabal, contando con la experiencia y el apoyo incondicional de su padre, el recordado cofrade José López Maldonado, volviendo a salir el misterio en la Semana Santa de 1968. La Virgen de la Caridad sale por primera vez en 1969 en un modestísimo paso sin palio.
En 1976 se establece en la Santa Iglesia Catedral y en 1981 adquiere carácter Sacramental. Su Oratorio - Casa Hermandad, fue bendecido el 18 de septiembre de 2011.